曲贡文化遗址和石室墓墓地最早发现于1984年11月，西藏自治区文物管理委员会文物普查队的更堆等人在拉萨北郊娘热山沟曲贡村的一次文物调查中发现了散布在地表的一些文化遗物，发现了曲贡文化遗址。当时采集到不少陶片和打制石器，而且进行了小规模的试掘，找到了文化堆积层。试掘简报《拉萨曲贡遗址调查试掘简报》于次年发表在1985年第9期的《文物》上，从而使这个发现受到关注。

1989年7月~8月，中国社会科学院考古研究所的王仁湘应西藏自治区文物管理委员会的邀请，进藏考察了西藏地区的一些重要古文化遗址和古墓葬群，多次踏勘曲贡文化遗址，采集到一批文化遗物，确认它是高原一处少见的古文化遗址，具有重要研究价值。鉴于遗址还在继续受到自然和人为的破坏，当即与文物管理委员会方面商量了保护措施，并开始计划抢救性发掘。

1990年8月~9月，由新组建的中国社会科学院考古研究所西藏工作队与西藏自治区文物管理委员会组成联合发掘队，对曲贡文化遗址和墓地进行首次较大规模的发掘，有了重大发现。在第一阶段发掘的500平方米，就出土近万件文物。出土石器大多为打制石器，有石刀、石梳、石磨等农业生产工具陶器有单、双耳罐，大肚高颈罐和工艺水平极高的棱形纹黑陶罐。还发现墓葬坑和四具完整的人骨架。这次发掘总面积达到2337.5平方米，揭露了一批重要的遗迹，清理了一批石室墓，出土大量文化遗物，基本弄清了遗址的面积、文化堆积的时代和性质。发掘结束后进行了初步整理，并于次年刊出了《西藏拉萨市曲贡村新石器时代遗址第一次发掘简报》等两篇发掘简报，发表于《考古》1991年第10期。参加第一次发掘的人员有王仁湘、赵慧民、古方、李永宪、姚云书，译员为次旦格列。

1991年8月，对遗址进行了第二次发掘，发掘规模较小，面积为75平方米。这次发掘，了解到遗址早期自然破坏情况，摸清了洪水形成的冲沟对遗址的破坏性切割状况。参加发掘的人员有唐际根、张燕、旺堆次仁(兼译员)、王仁湘。发掘后刊出《西藏拉萨市曲贡村新石器时代遗址第二次发掘简报》。

1992年6月~7月，对遗址又进行了第三次发掘，主要目的是补充采集土样进行分析，同时对石室墓墓地的分布范围及破坏情况作进一步的了解。发掘面积为775平方米。参加发掘的人员是赵慧民、古方，译员为次旦格列。